Die Wallfahrtskirche der Madonna delle Grazie in Pesaro, auch als Kirche von San Francesco bekannt, ist historisch mit der Gründung der Siedlung der Franziskaner bei deren Einzug in die Stadt um 1231 verknüpft und befindet sich sogar in der Via San Francesco. Die Wallfahrtskirche der Madonnadelle Grazie, die in der Zeit der Malatesta dem Heiligen Franz von Assisi gewidmet war, wurde im Jahre 1922 der Madonnadelle Grazie geweiht, als ein Bild der eben dieser Madonna in die Kirche versetzt wurde, welches bisher in der Kirche dei Servi an der Piazzale Matteotti hing, die jedoch im selben Jahr abgerissen wurde. Die ursprüngliche Kirche stammt aus dem Jahr 1270, während das Kloster erst 1325 entstand. Die umfangreiche Renovierung der Kirche mit der Errichtung des beeindruckenden gotischen Portals aus Istriensteinen und rotem Verona Marmor geht auf den Willen des Pandolfo Malatesta II zurück, der von 1355 bis 1373 regierte. Der Stil des Portals gleicht dem der Kirchen von Sant’Agostino und San Domenico. Ehemals befanden sich am Eingang zwei steinerne Löwen, dem Symbol der Malatesta. Im achtzehnten Jahrhundert wurde die Kirche von San Francesco sowohl von innen als auch von außen vom Architekten Giuseppe Tranquilli aus Pesaro, einem Schüler Vanvitellis, verändert. Im Inneren der Wallfahrtskirche befinden sich zwei steinerne Sarkophage, die auf Wunsch des Pandolfo II hergestellt wurden und die sterblichen Überreste seiner zweiten Frau Paola Orsini und der seligen Michelina Metelli, einer Franziskaner Tertiarin bewahren.