Die Krypta der Kathedrale von Urbino, auch bekannt als Le Grotte del Duomo, befindet sich unter dem Dom. Der Eingang geht durch die Loggia del Grano, die von der Piazza Duca Federico aus zugänglich ist. Die Räume stammen aus dem sechzehnten Jahrhundert und wurden der Compagnia dell’Umilità durch den Herzog Guidobaldo  gewährt, die die vier Kapellen als Oratorium nutzten. Bei der Renovierung der Krypta fanden die Brüder ein hölzernes Kreuz, dem wundertätige Eigenschaften zugeschrieben wurden. Nach diesem Ereignis wurde die Bruderschaft unter dem Namen Compagnia del Santissimo Crocifisso bekannt. Das Eingangstor aus Travertin aus dem Jahr 1551 öffnet den Zugang zu einer weitläufigen Treppe aus weißem Stein aus Furlo, die im Jahr 1621 anlässlich der Hochzeit zwischen Federico Ubaldo della Rovere und Claudia de’Medici erbaut wurde. Steigt man sie hinab, gelangt man auf den unterirdischen Gang, von dem linkerhand die Eingänge zu den Kapellen  abgehen. Wie auch das sie überragende Gottesthaus wurde die Krypta im Laufe der Jahrhunderte oft renoviert, doch wurden bis heute einige wertvolle Werke erhalten. In der Capella della Natività befindet sich auf dem Hauptaltar das Werk des Bologneser Malers Emilio Tartuffi-Die Geburt Christi- aus dem Jahr 1682. Wenn Sie den Blick heben, sehen Sie im Gewölbe die Gloria di Angeli von Carlo Roncallo da Colbordolo, gekrönt von einem Rahmen aus Marmor des achtzehnten Jahrhunderts. Von dort aus gelangt man die die Capella del Crocifisso, die zu Beginn des frühen neunzehnten Jahrhunderts im neoklassischen Stil von Joseph Valadier renoviert wurde, nachdem sie, wie auch die Kuppel der Kathedrale, nach dem verheerenden Erdbeben von 1789 einstürzte. Das hölzerne Kreuz, welches 1507 gefunden wurde und nachdem sich die Bruderschaft umbenannte, wurde vor dem Erdbeben gerettet. Im Gewölbe befinden sich Stuckfriese mit den Symbolen der Passione, in der Apsis die Symbole der vier Evangelisten und prächtige Kronleuchter aus Muranoglas. Gleichzeitig findet sich hier die Grabstätte des letzten Herzogs von Urbino, Federico della Rovere. In der Capella della Resurrezione, im Original auch „ Das Grab“ genannt, steht die Pietà aus Marmor, gestaltet vom Bildhauer Giovanni Bandini auf Auftrag von Francesco Maria II della Rovere. Auf dem Hochaltar steht L’Annuncioazione della Vergine des Künsters Gian Andrea Urbania aus dem siebzehnten Jahrhundert, das Fresko im Gewölbe, gestaltet von Carlo Colburn Roncallo, zeigt Il Trionfo della Croce aus dem achtzehnten Jahrhundert. Die letzte Kapelle ist die Capella del Sepolcro, welche ihren Namen von den wunderbaren Terrakotta-Skulpturen hat, die in einer Nische aus schwarzem Marmor stehen und die Trauer um Jesus Christus darstellt-eine meisterhafte Arbeit von Giovanni Bandini, die vermutlich aus der Zeit zwischen 1583 und 1586 stammt. Der Besuch der Krypta kostet Eintritt, der aber auch gleichzeitig zum Besuch des Museo Diocesano Albani berechtigt.