Die Kirche von San Francesco in Urbino wurde im vierzehnten Jahrhundert mit Blick auf die Piazza della Repubblica im römisch-gothischen Stil gebaut. Sie hat einen eindrucksvollen und zauberhaften Glockenturm mit einem pyramidenförmigen Turm, der im gothischen Stil erbaut wurde. Die Kirche bestand ursprünglich aus zwei Kirchenschiffen, wurde aber im achzehnten Jahrhundert architektonisch komplett überarbeitet. Heute besteht die Kirche aus drei Kirchenschiffen. Immer schon wurden in ihrem Inneren Meisterwerke der sakralen Kunst aufbewahrt, von denen einige der Galleria Nazionale delle Marche überlassen wurden, wie beispielsweise das Pala Buffi (Altarbild) von Giovanni Santi oder La Santissima Concezione von Federico Barocci. Beide waren außergewöhnlichen Malern aus Urbino, deren Stil als Vorläufer des Barocks bezeichnet wird. Die wunderschöne Kirche wird von einer weiteren Arbeit von Federico Barocci – Il Perdono di San Francesco, aber auch von einer im Stil des achtzehnten Jahrhunderts überbauten, ursprünglich von Constantino Trappola entworfenen- und zwischen 1511 und 1516 erstellten Kapelle des Allerheiligsten, geschmückt. Die ursprüngliche Kapelle befand sich damals in der nördlichen Ecke des Kreuzgangs und wurde im Auftrag von Francesco Maria I gebaut. Vom alten Gebäude blieb das Portal mit Fries, welches durch den bereits erwähnten Constantino Trappola zwischen 1516 und 1517 enstand. In diesen heiligen Mauern liegen die Eltern von Raffaello, Giuseppe Santi und Magia Ciarla, begraben. Ihre Ruhestätten wurden von Federico Barocci und Timoteo Viti entworfen. Sie ruhen dort in der Gesellschaft bekannter Persönlichkeiten aus Urbino, wie beispielsweise dem Architekten Gian Battista Comandino, der im sechzehnten Jahrundert die Veränderungen an der Festung Albornoz vornahm und Federico Barocci, der 1612 in Urbino starb.