La Chiesa di San Francesco di Fano è forse uno dei luoghi più carismatici e suggestivi della città che riesce a sorprendere chiunque e che come nessun altro monumento rivela aspetti di sé a seconda delle stagioni e delle giornate. La si trova a pochi passi dal Comune di Fano, sorto sulle antiche mura dell’ex Convento Francescano, un tempo attiguo alla Chiesa di San Francesco. Edificata attorno alla metà del XIII secolo e consacrata nel 1336, fu tra le maggiori e più belle chiese di Fano. Era una tipica chiesa ad aula unica, con copertura a capriate e con un ampio presbiterio affiancato da due cappelle minori. La Chiesa di San Francesco ha subito nel corso dei secoli numerosi interventi e modifiche e l’aspetto attuale è dovuto allo stravolgimento che ha ridisegnato la Chiesa con maestose linee neoclassiche su disegno dell’architetto Giuseppe Ferroni. L’importanza storica della Chiesa di San Francesco è sottolineata dal fatto che fu prescelta dai Malatesta per ospitare le proprie sepolture, che qui furono spostante nel Seicento, andando ad occupare il sottoportico della chiesa stessa. Nel 1460 Sigismondo Pandolfo Maltesta fece erigere, su disegno attribuito a Leon Battista Alberti, la tomba rinascimentale per la salma del padre Pandolfo III collocata a destra del portale: un elegante arca di granito rosa e nero posta su di un alto basamento in pietra arenaria dove, nel 1995, è stato rinvenuto il corpo mummificato di Pandolfo III. Alla sinistra del portale invece si trova la tomba monumentale di Paola Bianca, prima moglie di Pandolfo III Malatesta: un autentico capolavoro di scultura tardogotica, opera dello scultore veneziano Filippo di Domenico. Attorno alla bellissima effige della defunta, stesa sul coperchio del sarcofago, si sviluppa un ricchissimo apparato scultoreo. Sul lato minore della Loggia malatestiana, sostenuto da tre mensole, si trova la tombadi  Bonetto da Castelfranco, fedele medico di Sigismondo; sepolcro molto più modesto degli altri, databile attorno alla prima metà del XV secolo. Il violento terremoto del 1930 fece crollare la volta settecentesca, compromettendo l’intera struttura. Le vecchie murature, sopralzate secondo il progetto del Ferroni di diversi metri sulla struttura originaria, finirono per minacciare rovina e, dopo il terremoto, sono state in buona parte abbattute. Per i recenti lavori di restauro si è a lungo discusso circa l’opportunità di ridare una copertura alla chiesa, ma è prevalsa la linea secondo cui un intervento del genere sarebbe troppo radicale e andrebbe a snaturare la storia del luogo, che non smette di sorprendere e affascinare i visitatori che da qui si trovano a passare.