La Chiesa di San Giovanni di Gradara si trova lungo il corso principale di questo piccolo borgo. della Chiesa di San Giovanni si hanno già testimonianze dal XIII secolo. Attraverso i secoli, subì numerosi interventi di ampliamento e abbellimento sia durante la Signoria dei Malatesta, e ancora durante il dominio degli Sforza, ma le vesti attuali le sono state consegnate dal restauro realizzato tra il 1770 e il 1790 dal Marchese Carlo Barzi-Mosca. All’interno si trovano alcune opere di vero pregio risalenti alle diverse epoche, com’è ben testimoniato dal particolarissimo crocifisso ligneo del XV secolo, dove il Cristo, a seconda della posizione da cui viene osservato, cambia nettamente espressione del volto, proveniente dalla cappella privata della Rocca e dalla pala d’altare, opera del pittore pesarese Lazzarini. Tra le varie opere si trova anche una bellissima tela del 1607, raffigurante Santa Lucia di Giangiacomo ad opera del Pandolfi.