Il Santuario della Madonna delle Grazie di Pesaro, noto anche come Chiesa di San Francesco, si lega storicamente all’insediamento francescano nella città, avvenuto attorno al 1231; la troviamo infatti in Via San Francesco. Il Santuario della Madonna delle Grazie infatti, in epoca malatesiana, era dedicato al santo di Asssisi e solo nel 1922 la chiesa viene consacrata alla Madonna delle Grazie quando vi fu trasferito culto e immagine della Beata Vergine delle Grazie, fino ad allora conservata nella chiesa dei Servi di Piazzale Matteotti, demolita nello stesso anno. La struttura originaria della chiesa risale al 1270, mentre il convento al 1325. Per volere di Pandolfo II Malatesta, al governo dal 1355 al 1373, fu intrapresa una vasta opera di ristrutturazione della chiesa; a questo periodo pare risalire anche il meraviglioso portale gotico realizzato in pietra d’Istria e marmo rosso di Verona, con lo stesso stile dei portali di delle Chiese di Sant’Agostino e di San Domenico, con la caratteristica presenza di due leoncini sugli stipiti dell’ingresso, simbolo malatestian. Nel Settecento la Chiesa di San Francesco fu oggetto di una radicale trasformazione sia interna che esterna su progetto dell’architetto pesarese Giuseppe Tranquilli, allievo del Vanvitelli. All’interno del Santuario si possono ammirare i due sarcofaghi in pietra commissionati da Pandolfo II che custodiscono le spoglie di Paola Orsini, sua seconda moglie, e della Beata Michelina Metelli, terziaria francescana.