La Chiesa di San Francesco di Urbino si affaccia su Piazza della Repubblica con la sua bella struttura in stile romano-gotico, eretta nel XIV secolo, e l’imponente e affascinante campanile con guglia piramidale, decorato in stile gotico. Questa chiesa in origine prevedeva due navate, ma l’intera struttura architettonica interna fu rivista nel Settecento; attualmente la Chiesa di San Francesco  si presenta con pianta a croce latina e a tre navate, con una cupola a calotta cieca sulla crociera. Da sempre al suo interno sono stati conservati capolavori dell’arte sacra, alcuni dei quali sono stati rimossi, come la Pala Buffi di Giovanni Santi o come La Santissima Concezione di Federico Barocci – straordinario pittore urbinate il cui stile, sotto molti aspetti, fu precursore del Barocco – ora entrambe esposte all’interno della Galleria Nazionale delle Marche; ad impreziosire questa bellissima chiesa è rimasto un’altra opera del Barocci, Il Perdono di San Francesco, oltre alla Cappella del Santissimo Sacramento, rifacimento settecentesco della preesistente Cappella realizzata tra il 1511 e il 1516 da Costantino Trappola per volere di Francesco Maria I, originariamente nell’angolo settentrionale del chiostro-cimitero. Dell’antico edificio rimangono il portale con fregi  dello stesso Trappola, realizzati tra il 1516 e il 1517. Tra queste sacre mura sono sepolti i genitori di Raffaello, Giuseppe Santi e Magia Ciarla, i cui monumenti funerari sono stati realizzati dal Barocci e da Timoteo Viti, in compagnia di altri illustri urbinati, come l’architetto Gian Battista Comandino, autore degli interventi cinquecenteschi su Fortezza Albornoz, e lo stesso Federico Barocci, che si spense ad Urbino nel 1612.