Die Kirche von San Francesco in Fano ist vielleicht eine der charismatischsten und charmantesten der Stadt – ein Aspekt, der sich im Wandel der Jahreszeiten und Tage offenbart. Sie liegt nahe der Stadt Fano, auf den alten Mauern des ehemaligen Franziskanerklosters, das einst neben der Kirche von San Francesco gebaut wurde. Erbaut in der Mitte des dreizehnten Jahrhunderts und geweiht im Jahre 1336, gehörte die Kirche zu den größten und schönsten von Fano. Sie war eine typische Kirche mit einem Kirchenschiff, einem Sparrendach mit einem großen Chor, der durch zwei kleine Kapellen flankiert wurde. Die Kirche von San Francesco hat im Laufe der Jahrhunderte viele Veränderungen durchgemacht. Ihr heutiges Aussehen beruht auf einem Entwurf des Architekten Giuseppe Ferroni, der die Kirche durch seinen stattlichen neo-klassischen Linien prägte. Die Kirche von San Francesco war historisch wichtig, weil die Maltesta sie als Grabkirche wählten und ihre Gräber im siebzehnten Jahrhundert hierher, in die Laube der Kirche, verlegen ließen. Im Jahre 1460 errichtete Sigismondo Pandolfo Malatesta nach einem Entwurf von Leon Battista Alberti ein Renaissance-Grab für die Leiche seines Vaters Pandolfo III, welches sich auf der rechten Seite des Portals befindet: ein eleganter Sarkophag aus rosanem und schwarzem Granit auf einem hohen Sockel aus Sandstein, in welchem im Jahre 1995 die mumifizierte Leiche von Pandolfo III gefunden wurde. Auf der linken Seite des Portals ist das monumentale Grab von Paola Bianca, der ersten Frau von Pandolfo III Malatesta: ein Meisterwerk der spätgotischen Steinmetzkunst des venezianischen Bildhauers Filippo di Domenico. Rund um das Bildnis der verstorbenen Frau, welches auf dem Deckel des Sarkophags liegt, gibt es viele weitere Statuen. Auf der kleineren Seite der Malatesta Loggia ist das Grab von Bonetto da Castelfranco, des treuen Arztes von Sigismondo; – sein Grab ist viel bescheidener als die anderen, aus der ersten Hälfte des fünfzehnten Jahrhunderts. Das Erdbeben von 1930 verursachte den Zusammenbruch des Gewölbes aus dem achtzehnten Jahrhundert, durch welches die gesamte Struktur kompromittiert wurde. Die alten Mauern wurden mehrere Meter auf der ursprünglichen Struktur hochgezogen, nach dem Projekt von Ferroni, aber nach dem Erdbeben wurde die Ruine weitgehend zerstört. Während der jüngsten Restaurierung wurde angedacht, der Kirche wieder ein Dach zu geben, aber diese Idee wurde wieder verworfen, weil ein solcher Eingriff zu radikal wäre und die Geschichte des faszinierenden und überraschenden Ortes verzerrt hätte.