Die Kirche von San Francesco in San Marino liegt direkt gegenüber dem ältesten Torbogen des Dorfes, der Porta San Francesco und ist das älteste Heiligtum des Landes. Es wurde im Jahr 1361 gebaut und behielt über die Jahre von seinem ursprünglichen Aussehen nur noch die Fassade und den Portikus, die vor kurzem vom Architekten Gino Zani restauriert wurden. Aus der gleichen Zeit stammt auch das angrenzende Kloster der Minoriten, welches auf Willen des Papstes Clemens VII gebaut wurde, um die Kirche vor den Überfällen der Malatesta zu schützen. Der Ursprung des Klosters stammt aus dem Ort Murata, aus diesem Standort scheint auch das hölzerne Kruzifix zu stammen, das sich heute auf dem Hauptaltar der Kirche von San Francesco befindet. Im Laufe der Jahre hat sich das Innere der Kirche veränder, die wichtigste bauliche Veränderung stammt aus dem späten achtzehnten Jahrhundert und sind geprägt durch den neo-klassizistischen Stil. Im Kloster ist seit 1966 das Museum von San Francesco untergebracht, das viele wertvolle Werke aus der Zeit zwischen dem fünfzehnten und sechzehnten Jahrhundert umfasst, darunter auch ein wunderbares Portrait von San Francesco des Malers Guerciono sowie ein Fresko, welches die Anbetung der Könige darstellt, gemalt von Antonio Alberti aus Ferrara, der gleichzeitig für die herrlichen Fresken in Talamello verantwortlich ist. Unweit der Kirche befindet sich das Museo di Stato an der Piazzetta del Titano, die leicht von der Via Basiliscus zu erreichen ist.