Der Botanische Garten von Urbino ist wegen seiner Besonderheiten einen Besuch wert. Seine Gründung ist Giovanni Brignoli di Brungof die Gradisca um 1809 herum zugeschrieben, der ihn im Garten des Klosters San Francesco anlegte. Heute wird der Botanische Garten von der Università di Urbino verwaltet. Die Anlage erstreckt sich über etwa 2200 Quadratmeter über ein Gelände mit Höhenunterschieden, die sich aus einem großen Erdwall ergeben, der von beiden Seiten durch die Treppen der Kirche Santo Spirito und des Klosters San Francesco begrenzt wird. Er ist terrassenartig in unterschiedliche klimatische Regionen unterteilt. Auf der ersten Terrasse, die ein wenig exponiert liegt und mit Baumbeständen versehen ist, befindet sich ein großes Gewächshaus, welches verschiedenen Baumarten beherbergt, die vor dem harten Winter geschützt werden müssen. Außerdem gibt es dort einen interessanten Teil, der den heimischen Heil- und Gewürzkräutern gewidmet ist. Die zweite und dritte Terrasse sind in mehrere schmale Beete unterteilt, auf denen unterschiedliche Krautpflanzen wachsen. Auf der höchsten Terrasse steht ein Gewächshaus, in dem Pflanzen wachsen, die ein warmes und feuchtes Klima benötigen. Jedes Jahr erstellt der Botanische Garten die Zusammenstellung Index Semium. Der Botanische Garten ist für die Öffentlichkeit grundsätzlich an allen Wochentagen zugänglich, lediglich Donnerstag- und Samstagnachmittag sowie sonntags bleibt er geschlossen.