Il Museo Civico e Pinacoteca di Fano sono ospitati nel sottoportico e in alcuni altri ambienti al piano terra del Palazzo Malatestiano. Si accede alla Corte Malatestiana dalla centralissima Piazza XX Settembre tramite il maestoso Arco Borgia-Cybo, innalzato alla fine del XV secolo, dove si trova la sezione archeologica del Museo che espone reperti dal neolitico al periodo imperiale romano, con selci, fibule, bronzi, ceramiche, lucerne, epigrafi, sculture e mosaici tra cui spiccano la statua dell’imperatore Claudio e la testa femminile con pettinatura all’Ottavia della fine del I secolo a.C.. Salendo al primo piano, si incontra la vasta collezione numismatica con esemplari dell’antica zecca fanese che coniò tra il XV e il XVIII secolo e la magnifica serie di medaglie malatestiane realizzate da Matteo de Pasti nel 1446, autore di numerosi e preziosi bassorilievi all’interno del  Tempio Malatestiano di Rimini, e delle medaglie di Paolo Sanquirico a ricordo dello scavo del porto Borghese del 1613. Continuando al piano superiore è possibile visitare l’ampia sala malatestiana e la Pinacoteca, dove sono custoditi capolavori che spaziano dal XIV al XX secolo, con opere di maestri come Simone Cantarini, Giovanni Francesco Guerrieri, Mattia Preti detto il Cavalier CaLabrese, Domenichino oltre a dipinti meravigliosi, come il polittico della Madonna della Rosa di Michele Giambono del 1420 circa, l’Annunciazione di Guido Reni eseguito nel 1620, e l’Angelo custode del Guercino. Al piano mezzano si trova la sala dedicata alla produzione della ceramica fanese e non solo, con una serie di vasi da farmacia provenienti da quella dell’antico ospedale, decorati con la caratteristica “rosa pesarese”, realizzati nel 1803 dalla manifattura Casari e Callegari ed alcuni pezzi del servizio da tavola in porcella del 1782, realizzato dalla manifattura Veneziana di Geminiano Cozzi per il Comune di Fano.